نظر به این­که اختلافات و دعاوی متعددی در خصوص املاک، مستغلات و اراضی دانشگاه وجود دارد، اداره املاک، دعاوی و شکایات نسبت به جمع‌­آوری اسناد و مدارک مربوط و در صورت لزوم مراجعه به سازمان‌­ها و اداره‌های ذی‌ربط جهت پیگیری تا حصول نتیجه یعنی مستندسازی و اخذ سند رسمی، اقدام می‌­نماید. طرح دعوا له دانشگاه و پیگیری دعاوی علیه دانشگاه در مراجع اداری، قضایی و شبه‌قضایی از دیگر وظایف و اختیارات این اداره است.